居民医保特殊疾病分为重大疾病门诊和慢性疾病，病种分别是：重大疾病门诊17种：1.血友病；2.再生障碍性贫血；3.恶性肿瘤的放疗（化）疗和晚期的镇痛治疗；4.肾功能衰竭的门诊透析治疗；5.肾脏、肝脏、心脏瓣膜、造血干细胞移植术后的抗排异治疗；6.严重多器官衰竭（心、肝、肺、脑、肾）；7.艾滋病机会性感染；8.唇腭裂；9.地中海贫血（中、重型）；10.肺移植术后的抗排异治疗；11.苯丙酮尿症（含四氢生物蝶呤缺乏症）（限0—18岁患儿）；12.非小细胞肺癌；13.儿童先天性心脏病；14.儿童白血病；15.慢性髓性白血病；16.胃肠间质瘤；17.阿尔茨海默病。慢性病14种：1.高血压病（1级高血压中高危和很高危、2级高血压、3级高血压）；2.糖尿病1型、2型；3.冠心病；4.精神分裂症、心境障碍（抑郁躁狂症）、偏执性精神障碍、分裂情感障碍、癫痫所致精神障碍、精神发育迟滞伴发精神障碍；5.肝硬化（失代偿期）；6.系统性红斑狼疮；7.脑血管意外后遗症（脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血后遗症）；8.结核病；9.风湿性心瓣膜病；10.类风湿性关节炎；11.慢性肺源性心脏病；12.慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿；13.甲亢；14.慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染。可选择按单病种结算的病种3种：1.胃肠间质瘤；2.非小细胞肺癌；3.慢性髓性白血病。